o seu tbm tem varias falhas, como identação por exemplo
e eu executei o seu codigo e ainda assim ele não funciona corretamente

#codificação das eltras minúsculas
alfaLow = ‘abcdefghijklmnopqrstuvxwyz’
quebraLow = alfaLow.partition(alfaLow[:chave])
tradLow = quebraLow[2]+quebraLow[1]

#codificação das eltras maiúsculas
alfaUp = ‘ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVXZ’
quebraUp = alfaUp.partition(alfaUp[:chave])
tradUp = quebraUp[2]+quebraUp[1]

trad = str.maketrans(alfaLow+alfaUp,tradLow+tradUp)

arquivo = open(arq,’r’)
return arquivo.read().translate(trad)
arquivo.close()

print(cifraDeCesar(3,’clear.txt’))

Na verdade está tudo errado mesmo e o código não funciona, há falhas na identação e o algoritmo acaba não funcionando, dê uma revisada nisso, precisa colocar a linha:
convertido = convertido + CARACTERES[num]
Apenas uma vez no final do primeiro IF do FOR.

O código corrigido:

# Cifra de César em Python
# Adaptado do livro “Hacking Secret Ciphers with Python”, de Al Sweigart
# Licença Creative Commons Attribution-Noncommercial-Share Alike 3.0

# Solicitando o texto a ser encriptado ou decriptado:
texto = input(‘Digite a mensagem a ser encriptada ou decifrada: ‘)
# Chave a ser utilizada
chave = int(input(‘Entre com o valor da chave (deslocamento): ‘))
# Determinar modo de operação (E = encriptar; D = decriptar)
modo = input(‘Escolha E para encriptar ou D para decriptar o texto: ‘)
# Conjunto de caracteres válidos no algoritmo
CARACTERES = ‘ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ’
# Variável para armazenar o texto criptografado (ou decifrado)
convertido = ”
# Converter todo o texto em maiúsculas:
texto = texto.upper()
# Código que será executdo em cada caractere do texto:
for caractere in texto:
if caractere in CARACTERES:
# Obter o número criptografado ou decriptado do caractere
num = CARACTERES.find(caractere)
# Obter o número do caractere
if modo == ‘E’:
num = num + chave
elif modo == ‘D’:
num = num – chave
# Manipulando a rotação se o valor de num for maior do que o comprimento de CARACTERES ou menor que 0
if num >= len(CARACTERES):
num = num – len(CARACTERES)
elif num < 0:
num = num + len(CARACTERES)
# Adicionar (concatenar) o caractere correspondente a num na variável convertido
convertido = convertido + CARACTERES[num]
else:
convertido = convertido + caractere
# Mostrar o texto encriptado ou decifrado na tela:
if modo == 'E':
print('O texto criptografado é ', convertido)
if modo == 'D':
print('O texto decriptado é ', convertido)

Amigo, dê uma revisada em seu código, aqui está funcionando normalmente.
Temo como você postar o código que você usou aqui?